Unit Pengelola Program Studi (UPPS) PS PIPA adalah Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Unimed. Latar belakang perkembangan berdirinya FMIPA tidak terlepas dari sejarah perkembangan Unimed yang dimulai sejak zaman Perguruan Tinggi Pendidikan Guru (PTPG) yang berdiri tahun 1956. Tahun 1957 PTPG bergabung menjadi salah satu bagian dari Universitas Sumatera Utara (USU) dengan nama Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP). Seiring dengan perubahan FKIP USU menjadi IKIP Jakarta Cabang Medan, maka dilakukan reorganisasi pada Fakultas ini dan mematangkan diri menjadi IKIP berdasarkan Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan No. 34 tahun 1965 tentang Pendirian Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan Republik Indonesia. Berdasarkan keputusan Presiden RI No. 276/Tahun 1965 mengesahkan pendirian Institut Negeri di Medan seperti yang dimaksud dalam Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan No. 34 tahun 1965, memutuskan lima fakultas (Fakultas Ilmu Pendidikan, Fakultas Keguruan Pengetahuan Sosial, Fakultas Keguruan Ilmu Eksakta, dan Fakultas keguruan Teknik.
Sejak 1999 IKIP Medan dikonversi menjadi Universitas Negeri Medan (Unimed) sesuai dengan Surat keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 124 Tahun 1999. Perubahan IKIP Medan menjadi Universitas dimaksudkan sebagai upaya peningkatan mutu penyelenggaraan LPTK. Perubahan ini sebagai upaya untuk meningkatkan mutu lulusan yang dipandang relevan untuk menjawab kebutuhan pembangunan di berbagai bidang. Perubahan kelembagaan menjadi Universitas Negeri Medan yang peresmiannya dilaksanakan pada tgl 26 Januari 2000 dengan SK. Presiden No. 124 Tahun 1999. Perubahan di tingkat kelembagaan IKIP Medan menjadi Universitas Negeri Medan, disusul dengan perubahan di tingkat fakultas.
Sampai saat ini, Unimed mengelola tujuh Fakultas dan satu Program Pascasarjana, salah satunya fakultas MIPA. FMIPA terdiri dari empat jurusan (Matematika, Biologi, Fisika, dan Kimia) dan 10 program studi, yaitu:1) Pendidikan Matematika; 2) Matematika; 3) Pendidikan Biologi; 4) Biologi; 5) Pendidikan Fisika; 6) Fisika; 7) Pendidikan Kimia; 8) Kimia; 9) Pendidikan IPA; dan 10) Ilmu Komputer. Di antara 10 program studi tersebut, enam program studi telah terakreditasi A BAN PT dan 2 program studi telah terakreditasi B (salah satunya sedang mengusulkan akreditasi) dan dua program studi baru (PS PIPA dan PS Ilmu Komputer). PS PIPA merupakan salah satu program studi yang ada di FMIPA dan dikelola oleh Jurusan Biologi.
Proses pendirian PS PIPA dimulai sejak tanggal 13 Juni 2017 sesuai Kemenristekdikti Nomor 357/KPT/I/2017 tentang Izin Pembukaan Program Studi Pendidikan Ilmu Pengetahuan Alam Program Sarjana. Lahirnya PS PIPA ini dipandang perlu mengingat Kurikulum KTSP dan Kurikulum 2013 yang mengharuskan IPA Terpadu di SMP/MTs diajarkan secara menyeluruh dan saling terkait satu sama lain, namun di lapangan diajarkan terpisah-pisah karena guru-guru IPA terpadu masih banyak yang tidak memenuhi kualifikasi S1 Pendidikan IPA sehingga telah terjadi ketidak-sesuaian kualifikasi pendidikan guru IPA (miss-match)